Akan tetapi, dalam soal agama, lain lagi ceritanya. Orang Maya adalah politeis; mereka menyembah dewa-dewa, antara lain dewa matahari, dewa bulan, dewa hujan, dan dewa jagung. Imam-imam mereka adalah astrolog yang cermat. Ibadat mereka mencakup penggunaan kemenyan dan patung-patung, mutilasi diri, ritual penirisan darah, dan praktek pengorbanan manusia​—khususnya tahanan, budak, dan anak-anak.

Mengenai Maya zaman modern, buku The Mayas​—3000 Years of Civilization mengatakan, ”Orang Maya memuja dewa-dewa alam dan leluhur mereka seperti dulu, di ladang, gua, dan pegunungan . . . lalu pada saat yang sama menyembah para santo di gereja.” Maka, dewa Quetzalcoatl, atau Kukulcán, dipadankan dengan Yesus, dan dewi bulan dengan Perawan Maria. Lebih jauh, penyembahan pohon ceiba keramat digantikan dengan pemujaan salib, yang masih mereka sirami seolah-olah itu adalah pohon yang hidup. Salib mereka sama sekali tidak mengingatkan orang akan Yesus, malahan dihias dengan bunga-bunga ceiba.