Di sebelah utara Khartoum, sungai itu membentuk induk S. Nil, dan menerima air dari satu-satunya sungai besar lain, S. Atbara, yang bersatu dengan S. Nil kira-kira 300 km di sebelah timur laut Khartoum.

Sungai Atbara juga turut menyebabkan meluapnya S. Nil.