Menurut tradisi, Muhammad sendiri telah meramalkan akan berkembangnya 72 sekte-sekte bidat agama Islam. Namun dewasa ini beberapa pakar menyebutkan ratusan sekte.

Dua bagian utamanya adalah sekte Syiah dan Suni. Namun, masing-masing mempunyai banyak cabang. Dari setiap 100 orang Muslim, kira-kira 83 adalah Suni dan kira-kira 15 adalah Syiah. Yang lain-lainnya menganut berbagai kelompok sekte lain seperti Druze, Muslim Hitam, dan Abangan dari Indonesia, yang membaurkan agama Islam dengan agama Budha, Hindu, dan agama-agama setempat.

Misalnya, aliran Sufi, istilah Barat untuk aliran mistik Islam, muncul pada abad kedelapan dan kesembilan dan dengan cepat berkembang menjadi gerakan agama yang besar. Pada abad ke-12, ordo atau persaudaraan Sufi, telah tersebar di mana-mana. Biara Sufi hampir mengalahkan pentingnya peranan mesjid. Praktik-praktik yang terdapat dalam aliran Sufi antara lain adalah autohipnotisme sebagai hasil dari teknik-teknik berkonsentrasi atau tari-tarian dengan luapan perasaan yang berlebih-lebihan, pengajian mantra-mantra, kepercayaan akan hal-hal gaib, dan pemujaan orang-orang suci.

Penganut aliran Sufi berkompromi dengan adat kebiasaan dan kepercayaan setempat. Orang-orang Turki mempertahankan praktik-praktik syamanistik (sihir) mereka, orang-orang Afrika dukun-dukun mereka, orang-orang India agama Hindu dan orang-orang suci pra-Hindu serta dewa-dewa mereka, dan orang-orang Indonesia mempertahankan—sebagaimana dinyatakan The New Encyclopædia Britannica—”pandangan dunia pra-Islam di bawah selubung praktik agama Islam”.

Suatu perkembangan yang penting baru-baru ini adalah agama Baha’i yang berkembang dari Islam Syiah pada pertengahan abad ke-19 di Iran. Yang lain lagi adalah sekte Suni yang disebut Ahmadiyah, yang berkembang pada akhir abad ke-19 di India, ketika Mirza Ghulan Ahmad, seorang yang mengaku nabi, menyatakan diri sebagai manifestasi dari Muhammad, Yesus yang kembali, dan inkarnasi dari Krisna agama Hindu. Ia mengajarkan bahwa Yesus, setelah lolos dari kematian di Golgota, melarikan diri ke India, tetap aktif di sana sampai kematiannya pada usia 120 tahun.