Untuk Kitab-Kitab Ibrani, Jerome berniat mendasarkan karyanya pada Septuaginta. Versi bahasa Yunani untuk Kitab-Kitab Ibrani ini, yang terjemahan aslinya dibuat pada abad ketiga SM, dipandang oleh banyak orang sebagai terjemahan yang diilhamkan Allah. Oleh karena itu, sirkulasi Septuaginta sangat luas di kalangan orang-orang Kristen berbahasa Yunani pada waktu itu.

Akan tetapi, seraya pekerjaan Jerome semakin maju, ia mendapati ketidakkonsistenan dalam manuskrip-manuskrip bahasa Yunani, persis seperti yang didapatinya dalam manuskrip-manuskrip bahasa Latin. Jerome semakin frustrasi. Akhirnya, ia menyimpulkan bahwa untuk menghasilkan terjemahan yang bisa diandalkan, ia mau tidak mau harus mengesampingkan manuskrip-manuskrip Yunani, termasuk Septuaginta yang sangat dihormati, dan langsung menerjemah dari naskah Ibrani asli.

Keputusan ini menimbulkan reaksi keras. Oleh beberapa kalangan, Jerome dicap sebagai pemalsu naskah, penghujah Allah, meninggalkan tradisi-tradisi gereja demi orang-orang Yahudi. Bahkan Agustinus​—teolog gereja yang sangat berpengaruh pada waktu itu​—memohon kepada Jerome untuk kembali menggunakan naskah Septuaginta, dengan berkata, ”Jika terjemahanmu mulai semakin banyak dibaca orang di banyak gereja, itu akan berakibat menyedihkan, karena setelah membaca Alkitab, perselisihan pasti timbul antara Gereja-gereja Latin dan Gereja-gereja Yunani.”

Ya, Agustinus takut jangan-jangan gereja akan terbagi jika gereja-gereja di wilayah Barat menggunakan naskah Jerome yang berbahasa Latin​—yang berdasarkan naskah-naskah berbahasa Ibrani​—sementara gereja-gereja Yunani di Timur masih menggunakan terjemahan Septuaginta.b Selain itu, Agustinus menyuarakan kekhawatirannya jangan-jangan Septuaginta akan tersingkir demi suatu terjemahan yang hanya berpendukung Jerome seorang.

Septuaginta terus digunakan di Susunan Kristen wilayah Timur hingga sekarang.