In un periodo ancora successivo il nome assunse un significato religioso più che una connotazione etnica o politica, e samaritano era chi apparteneva alla setta religiosa che si era affermata anticamente nelle vicinanze di Sichem e Samaria, e che aveva certe credenze nettamente diverse dal giudaismo. — Gv 4:9.

L’erezione del tempio samaritano sul monte Gherizim, forse nel IV secolo a.E.V., in concorrenza con quello di Gerusalemme, sancì secondo alcuni la separazione definitiva fra ebrei e samaritani, anche se secondo altri la rottura delle relazioni avvenne oltre un secolo dopo. Quando Gesù iniziò il suo ministero, la frattura tra le due comunità non era ancora stata sanata, benché il tempio del monte Gherizim fosse stato distrutto più di un secolo e mezzo prima. (Gv 4:9)