WHISTON è conosciuto, specialmente tra chi studia la Bibbia, anche per la sua traduzione in inglese delle opere di Giuseppe Flavio, storico ebreo del I secolo. Tali opere fecero luce sulla storia ebraica e il mondo dei primi cristiani.

Nel 1737 pubblicò la sua traduzione degli scritti di Giuseppe Flavio, in modo da aiutare a comprendere il contesto storico del primo cristianesimo. La traduzione di Whiston viene stampata ancora oggi.