Ma fu sotto il regno di suo fratello Alessandro Ianneo, che governò dal 103 al 76 a.E.V., che il potere della dinastia degli Asmonei giunse all’apice.

Alessandro Ianneo ruppe con la politica precedente e si dichiarò tranquillamente sia sommo sacerdote che re. Il conflitto tra Asmonei e farisei si intensificò, sfociando in una guerra civile in cui persero la vita 50.000 ebrei. Sedata la ribellione, con un atto che ricordava i re pagani, Ianneo fece mettere al palo 800 ribelli. Poi fece trucidare le mogli e i figli sotto i loro stessi occhi, mentre lui banchettava apertamente con le sue concubine.e

Nonostante fosse ostile ai farisei, Ianneo era un politico pragmatico. Si rendeva conto che i farisei avevano sempre più il favore del popolo. Sul letto di morte diede istruzioni alla moglie Alessandra Salome di dividere il potere con loro. Ianneo aveva scelto lei anziché i figli perché gli succedesse nel regno.