何世紀にもわたり，外国の勢力はアルバニアを手中に収めようとし，そうした企ては宗教的な対立も生み出しました。1500年代の初めには，この地域の人々はすでに宗教的にも分かれており，イスラム教徒もいれば，正教会やカトリックの信者もいました。

その後，政府は組織宗教の慣行を事実上排除する政策を取りました。第二次世界大戦の後，共産主義政権はすべての宗教を廃止し，世界で初めて無神国家を宣言しました。