とはいえ宗教の面では，マヤ族は別の顔を持っていました。多神教信者で，太陽，月，雨，トウモロコシなど様々なものの神を崇拝していました。祭司は熱心な占星術者で，崇拝者たちは香や偶像を用い，自らの体を傷つけたり，儀式として血を流したり，人間（特に捕虜や奴隷や子ども）の生贄をささげたりしました。

スペイン人がやって来る

16世紀初頭，やって来たスペイン人が目にしたのは，まさにこの複雑な文明でした。コンキスタドールと呼ばれるそれらスペイン人の目的は二つありました。新たな領地と富を獲得すること，そしてマヤ族をカトリックに改宗させて野蛮な異教の慣行から解放することです。スペインによる征服は，宗教および他の面でマヤに真の自由をもたらしたでしょうか。

カトリック聖職者を含むスペイン人は，マヤ族が遠い昔から焼き畑農業に用いていた共有地を奪いました。そのため，マヤ族は困窮し，憎しみが生じます。入植者たちはさらに，ユカタン半島の貴重な水源であるセノーテ（深い陥没穴）も我がものにします。既存の重い国税に加えて人頭税（年に男性12.5レアール，a 女性9レアール）が教会から課されると，マヤ族はさらに困窮します。スペイン人の地主たちが弱みに付け込み，マヤ族の代わりに教会税を払った後その借金を返すまで無理やり働かせて，奴隷同然に扱ったのです。

聖職者たちはまた，洗礼･結婚･埋葬などの宗教儀式の料金を請求しました。こうして，マヤ族から土地を取り上げ，人頭税や手数料を課すことによって，教会は潤いました。マヤの農民は生まれつき迷信深くて愚かであるとみなされていたため，聖職者や権威者たちは，規律を守らせ迷信を捨てさせるために彼らを鞭打つのは正当なことだと考えていました。

真の自由ではない

スペイン人征服者の持ち込んだカトリック教も，カスタ戦争も，マヤに真の自由をもたらしませんでした。今日でも，スペイン征服以前の土着の慣習とローマ･カトリックの伝統の混ざり合った融合宗教が残っています。

「マヤ族 ― 3,000年の文明」（英語）という本は，現在のマヤについてこう書いています。「マヤ族は，草原や洞窟や山で昔ながらの自然神および先祖を崇め，……同時に教会で聖人を崇拝している」。ケツァルコアトル（ククルカン）という神がイエスと，そして月の女神が処女マリアと同一視されています。また，聖なるパンヤの木の代わりに十字架が崇められ，生きている木であるかのように水が注がれています。十字架には，イエスをかたどった物ではなく，パンヤの花の飾りが付けられています。