とはいえ宗教の面では，マヤ族は別の顔を持っていました。多神教信者で，太陽，月，雨，トウモロコシなど様々なものの神を崇拝していました。祭司は熱心な占星術者で，崇拝者たちは香や偶像を用い，自らの体を傷つけたり，儀式として血を流したり，人間（特に捕虜や奴隷や子ども）の生贄をささげたりしました。

「マヤ族 ― 3,000年の文明」（英語）という本は，現在のマヤについてこう書いています。「マヤ族は，草原や洞窟や山で昔ながらの自然神および先祖を崇め，……同時に教会で聖人を崇拝している」。ケツァルコアトル（ククルカン）という神がイエスと，そして月の女神が処女マリアと同一視されています。また，聖なるパンヤの木の代わりに十字架が崇められ，生きている木であるかのように水が注がれています。十字架には，イエスをかたどった物ではなく，パンヤの花の飾りが付けられています。