Em poucos dias, ele partiu de Dublin e foi para Londres. No entanto, após dez semanas, ele voltou a Dublin para resolver alguns assuntos. Enquanto isso, para defender seu ponto de vista, ele publicou o livro Humilde Investigação sobre o Relato Bíblico de Jesus Cristo (em inglês). Nele, Emlyn apresentou provas claras baseadas na Bíblia, explicando por que Jesus não poderia ser o Deus Supremo. Isso enfureceu os membros de sua ex-congregação em Dublin. Deu-se entrada a uma acusação formal.

Emlyn foi preso e levado perante a Corte Real da Irlanda, em Dublin, em 14 de junho de 1703. Em seu livro A Verdadeira História do Julgamento (em inglês), Emlyn disse que havia sido indiciado por publicar um livro no qual, segundo seus acusadores, ele afirmava de forma blasfema que Jesus Cristo não era igual a Deus, o Pai. O julgamento foi uma farsa. Sete bispos da Igreja da Irlanda foram os juízes. Não se permitiu que Emlyn falasse em sua própria defesa.