A amizade especial de Jonatã e de Davi data duma época logo depois de Davi ter matado Golias. Este ato destemido, em defesa do povo de Jeová, deve ter emocionado muito a Jonatã. Ouvindo o relato que Davi fez disso, “a própria alma de Jonatã se ligou à alma de Davi, e Jonatã começou a amá-lo como a sua própria alma”. (1Sa 18:1) Estes dois corajosos guerreiros e servos devotados de Deus “passaram a concluir um pacto” de amizade. Jonatã podia ver que Davi tinha o espírito de Deus. (1Sa 18:3) Ele não o encarava ciumentamente como um rival, como fazia Saul. Antes, seu respeito pela forma como Deus dirigia os assuntos era excelente exemplo para seu amigo mais jovem. Não satisfez o desejo de Saul, de matar Davi, mas, em vez disso, avisou Davi e tentou interceder em seu favor. Quando Davi se viu obrigado a fugir, Jonatã se encontrou com ele e fez um pacto, no sentido de que Davi protegeria tanto a ele como aos da sua casa. — 1Sa 19:1–20:17.

Jonatã falou de novo com Saul sobre Davi, o que quase lhe custou a vida, pois, num acesso de raiva, Saul arremessou uma lança contra seu próprio filho. Segundo haviam combinado, Jonatã e Davi se encontraram num campo, onde o filho do rei ostensivamente tinha ido praticar a arte de atirar com o arco. (1Sa 20:24-40) Os dois amigos renovaram seu vínculo de afeição e “começaram a beijar-se um ao outro e a chorar um pelo outro”, como se tem observado que outros homens fizeram, e como se faz ainda hoje em algumas terras. (1Sa 20:41; Gên 29:13; 45:15; At 20:37) Mais tarde, Jonatã teve a oportunidade de entrar em contato com Davi pela última vez em Horesa e fortaleceu-lhe “a mão com respeito a Deus”; eles reafirmaram seu pacto. — 1Sa 23:16-18.

Não existe nenhum indício bíblico de que Jonatã participasse com seu pai nas expedições contra Davi. Mas, na batalha contra os inimigos de Deus, os filisteus, Jonatã lutou até à morte, morrendo no mesmo dia que dois de seus irmãos e seu pai. Os filisteus penduraram os cadáveres deles nos muros de Bete-Sã. No entanto, homens valentes de Jabes-Gileade os removeram e os sepultaram em Jabes. Mais tarde, Davi removeu os ossos de Saul e de Jonatã para Zela. (1Sa 31:1-13; 2Sa 21:12-14; 1Cr 10:1-12) Davi lamentou profundamente a morte de seu amigo íntimo, Jonatã, até mesmo entoando em honra de Saul e de Jonatã uma endecha intitulada “O Arco”. (2Sa 1:17-27) O Rei Davi mostrou-se especialmente bondoso com Mefibosete, filho aleijado de Jonatã, que tinha cinco anos quando seu pai morreu. Por fim, Mefibosete obteve um lugar permanente à mesa do rei. (2Sa 4:4; 9:10-13)

Suas qualidades varonis talvez fizessem com que fosse especialmente querido por Saul. É evidente que eram muito achegados. (1Sa 20:2) Isto, contudo, não sobrepujou o zelo de Jonatã por Deus, nem sua lealdade para com seu amigo Davi.