WHISTON também é conhecido, especialmente pelos que estudam a Bíblia, por ter traduzido para o inglês os escritos do historiador judeu do primeiro século Flávio Josefo. Esses escritos revelam muito sobre a história judaica e sobre o mundo dos primeiros cristãos.

Para que o contexto histórico do começo do cristianismo fosse mais bem entendido, em 1737, ele publicou sua tradução dos escritos de Josefo, que tem sido impressa até hoje.