Josefo alista ainda outro distúrbio. Para construir um aqueduto para trazer água a Jerusalém duma distância de uns 40 km, Pilatos usou dinheiro do tesouro do templo em Jerusalém. Grandes multidões protestaram contra este ato, quando Pilatos visitou a cidade. Pilatos mandou soldados disfarçados infiltrarem-se na multidão e, em dado sinal, atacarem as pessoas, resultando em feridos e alguns mortos entre os judeus. (Jewish Antiquities, XVIII, 60-62 [iii, 2]; The Jewish War [A Guerra Judaica], II, 175-177 [ix, 4]) Pelo visto, o projeto foi levado a termo. Este último conflito é muitas vezes sugerido como a ocasião em que Pilatos ‘misturou o sangue dos galileus com seus sacrifícios’, conforme registrado em Lucas 13:1. Essa expressão parece indicar que esses galileus foram mortos bem na área do templo. Não há meios de se determinar se este incidente se relaciona com o descrito por Josefo, ou se se trata de uma outra ocasião. Contudo, uma vez que os galileus eram súditos de Herodes Ântipas, o governante distrital da Galileia, tal matança pode ter sido pelo menos um fator contribuinte para a inimizade que existia entre Pilatos e Herodes até a ocasião do julgamento de Jesus. — Lu 23:6-12.

Segundo o historiador judeu Josefo, Pilatos começou mal o seu relacionamento com seus súditos judeus. Ele mandou que soldados romanos, portando estandartes que estampavam a imagem do imperador, entrassem à noite em Jerusalém. Esta medida provocou grande ressentimento; uma delegação de judeus foi a Cesareia protestar contra a presença de estandartes e exigir a sua retirada. Depois de cinco dias de discussão, Pilatos tentou amedrontar os peticionários com ameaças de execução, por parte de seus soldados, mas a firme recusa dos judeus em ceder levou Pilatos a anuir ao pedido deles. — Jewish Antiquities (Antiguidades Judaicas), XVIII, 55-59 (iii, 1).

Josefo relata que Pilatos foi posteriormente removido do cargo em resultado de queixas apresentadas pelos samaritanos ao superior imediato de Pilatos, o governador da Síria, Vitélio. A queixa foi de que Pilatos matara vários samaritanos, que haviam sido iludidos por um impostor a se reunirem no monte Gerizim, na esperança de descobrirem tesouros sagrados, supostamente escondidos ali por Moisés. Vitélio ordenou que Pilatos fosse a Roma, para apresentar-se perante Tibério, e colocou Marcelo em seu lugar. Tibério morreu em 37 EC, enquanto Pilatos se dirigia a Roma. (Jewish Antiquities, XVIII, 85-87 [iv, 1]; XVIII, 88, 89 [iv, 2])