Mas foi sob o reinado de seu irmão Alexandre Janeu, que governou de 103 a 76 AEC, que a dinastia dos asmoneus atingiu seu auge de poder.

Alexandre Janeu rompeu com a política anterior e proclamou-se abertamente tanto sumo sacerdote como rei. Os conflitos entre os asmoneus e os fariseus se intensificaram, levando até a uma guerra civil em que pereceram 50.000 judeus. Depois de esmagar a rebelião, num ato que lembrava os reis pagãos, Janeu mandou cravar 800 dos rebeldes em estacas. Enquanto morriam, as esposas e os filhos deles eram mortos diante dos seus olhos, ao passo que Janeu festejava abertamente com as suas concubinas.b

Apesar da sua inimizade com os fariseus, Janeu era um político pragmático. Ele notava que os fariseus tinham cada vez mais o apoio do povo. As instruções no leito de morte que deu à esposa, Salomé Alexandra, era dividir o poder com eles. Janeu a havia escolhido em preferência aos seus filhos como sucessora no seu Reino.