Esse legado religioso não trouxe paz ao país. A guerra afetou muito a história do Paraguai, marcando profundamente a vida das pessoas. Entre 1864 e 1870, sob o domínio de Francisco Solano López, o Paraguai guerreou contra o Brasil, a Argentina e o Uruguai. Os resultados foram desastrosos. Segundo os anais da história disponíveis, a população do país no início da guerra era provavelmente de um milhão de pessoas ou mais. No fim da guerra, diz-se que sobraram cerca de 220.000 pessoas, das quais pelo menos 190.000 eram mulheres e crianças. Outras guerras se seguiram; uma delas envolvia uma disputa com a Bolívia sobre o direito de propriedade do Chaco e outras devido a agitações políticas. Não é, pois, de surpreender que no Paraguai os que queriam dominar os outros recorressem muitas vezes à violência física para conseguir seus objetivos.

Em 1932, o Paraguai envolveu-se em outra guerra, desta vez com a Bolívia. Mais uma vez foram dizimados os homens dessa nação. A guerra minou a economia do país, bem como pôs em perigo a segurança dos que chegassem do estrangeiro com as boas novas do Reino.