Позднее слово «самаритянин» стало указывать больше на религиозную принадлежность, чем на национальную или политическую. «Самаритянином» называли того, кто принадлежал к религиозной секте, процветавшей на территории древнего Сихема и Самарии, и кто придерживался догматов, чуждых иудаизму (Ин 4:9).

Возможно, в IV в. до н. э. самаритяне в противовес храму в Иерусалиме построили храм на горе Гаризим. По мнению некоторых, это событие ознаменовало окончательное отделение иудеев и самаритян, хотя другие полагают, что это случилось на 100 лет позже. Когда Иисус Христос начал свое служение, пропасть между этими двумя народами все еще существовала, хотя примерно за 150 лет до этого храм на горе Гаризим был разрушен (Ин 4:9).