Через несколько дней он уехал из Дублина в Англию. Однако спустя два с половиной месяца Эмлин вернулся в Дублин, чтобы уладить оставшиеся дела, поскольку решил окончательно обосноваться в Лондоне. В это время, желая защитить свои взгляды, он опубликовал книгу «Скромное исследование библейского повествования об Иисусе Христе» (An Humble Inquiry Into the Scripture-Account of Jesus Christ). В ней Эмлин, опираясь на Библию, представил ясные доказательства того, что Иисус не мог быть Всевышним Богом. Это привело в ярость членов прихода, в котором он раньше служил, и против него была составлена официальная жалоба.

Эмлин был взят под стражу и 14 июня 1703 года предстал перед Судом королевской скамьи в Дублине. В своих «Правдивых записках о ходе судебного разбирательства» Эмлин объяснил, что его обвинили в написании и издании книги, в которой он «якобы богохульно и с преступным намерением утверждал, что Иисус Христос не равен Богу Отцу» (True Narrative of the Proceedings). Тот суд был настоящим фарсом. На судейской скамье вместе с судьями сидели семь епископов Церкви Ирландии. Эмлину не позволили выступить в свою защиту.