Что же касается организационной структуры собраний, то каждое из них руководилось советом старейшин, или надзирателейb. Все старейшины были равны в своей власти, и никому не давалось права господствовать над вверенным им стадом (Деян. 20:17; Флп. 1:1; 1 Пет. 5:2, 3). Но отступничество развивалось, и все начало меняться — причем очень стремительно.

Одно из самых первых отклонений от истины заключалось в том, что между терминами «надзиратель» (греч. эпи́скопос) и «старейшина» (греч. пресви́терос) было проведено различие, и они перестали указывать на одно и то же положение в собрании. Спустя всего около десяти лет после смерти апостола Иоанна Игнатий Богоносец, «епископ» Антиохийский, в своем письме в Смирну писал: «Все вы должны следовать за епископом [надзирателем], подобно тому как Иисус Христос следует за Отцом, и за пресвитерами [советом старейшин], как за самими Апостолами». Итак, Игнатий выступал за то, чтобы каждое собрание управлялось одним епископом, или надзирателем, который отделен от пресвитеров, или старейшин, и наделен в сравнении с ними большей властью.

Как произошло это отделение? Август Неандер в своей книге «Всеобщая история христианской религии и церкви» рассказывает: «Во II веке... надо полагать, появилась должность постоянного главы пресвитеров, которому, как тому, кто преимущественно надзирал за всем, было дано название... [эпи́скопос], отличавшее его от остальных пресвитеров» («Allgemeine Geschichte der christlichen Religion und Kirche»).

Так создались условия для постепенного появления духовенства. Спустя примерно столетие Киприан, «епископ» Карфагенский (Северная Африка), горячо отстаивал власть епископов как группы, отделенной от пресвитеров (которые позднее стали называться священниками), дьяконов и мирян. Однако он не выступал за то, чтобы один епископ стоял выше всех остальныхc.