Иоанна Гиркана, оставшегося сына Симона, предупредили о готовящемся покушении на его жизнь, и по его приказу заговорщики были схвачены. Гиркан стал преемником своего отца, приняв власть и первосвященство.

По свидетельству Иосифа Флавия, Иоанн Гиркан сначала был учеником и сторонником фарисеев. Но однажды фарисеи осудили его за то, что он не отказался от первосвященства. Это стало причиной конфликта и разрыва отношений. Гиркан признал незаконными все религиозные предписания фарисеев. Чтобы еще больше отомстить им, он примкнул к их противникам, саддукеям.