Клавдий Лисий упоминается в книге Деяния в связи с апостолом Павлом. Вместе со своими воинами и сотниками он спас Павла, который мог погибнуть от рук разъяренной толпы. Взяв Павла под стражу, Клавдий Лисий распорядился, чтобы апостола сковали цепями, а затем начал спрашивать собравшихся, в чем его обвиняют, но из-за шума ничего не смог разобрать. Тогда он повелел отвести апостола в казарму, расположенную в башне Антония (Де 21:30—34).

Клавдий Лисий ошибочно заключил, что Павел был тем египтянином, который перед этим поднял мятеж и вывел в пустыню 4 000 «кинжальщиков». Узнав, что это не так, военачальник разрешил апостолу обратиться к народу с лестницы. Вероятно, это было уже в башне Антония. Когда Павел сказал, что ему велено идти к другим народам, толпа снова взбунтовалась. Тогда Клавдий Лисий приказал отвести апостола в казарму и, бичуя, допросить его (Де 21:35—40; 22:21—24).

По-прежнему желая дознаться, за что именно обвиняют Павла, Клавдий Лисий распорядился, чтобы собрался Синедрион. Когда Павел затронул вопрос о воскресении, между членами Синедриона возникли сильные разногласия. Боясь, что эти иудеи растерзают Павла, Клавдий Лисий приказал выхватить его у них (Де 22:30; 23:6—10).