Многие из его учеников боролись с распространенными в то время философскими идеями. Ориген тщательно изучил различные философские направления, влияющие на юные умы его подопечных, которым он стремился помочь. Так он старался давать им убедительные ответы на их философские вопросы.

Пытаясь совместить библейские учения с философией, Ориген в основном опирался на аллегорическую систему толкования Писаний. Он полагал, что Писание всегда содержит в себе символический смысл, а буквальный — не всегда. По словам одного библеиста, это позволило Оригену «„находить“ в Библии различные небиблейские идеи, совпадавшие с установленной им системой богословских взглядов. И при всем этом он считал себя (и довольно искренне) энтузиастом своего дела и верным толкователем Библии».

О взглядах Оригена можно судить из письма, которое он написал одному из своих учеников. В этом письме Ориген отметил, что израильтяне делали принадлежности для храма Иеговы из египетского золота. В этом он увидел аллегорию, оправдывавшую использование греческой философии в обучении христианству. Он писал: «Сколь полезны для детей израилевых были вещи, привезенные из Египта, которым египтяне не могли найти должного применения, но которые евреи, ведомые мудростью Божией, использовали в служении Богу». Поэтому Ориген призывал своих учеников «извлекать из греческой философии все, что может послужить предметом исследования и стать подготовкой к распространению христианства».

Такой слишком свободный подход к трактованию Библии стирал грань между христианскими учениями и греческой философией. Например, в своей книге «О началах» Ориген признавал Иисуса Христа единородным Сыном Бога и от него рожденным, «однако без всякого начала». Он также пишет: «Это рождение — вечное и непрерывающее наподобие того, как сияние рождается от света. Ибо Сын не есть Сын по усыновлению извне чрез Святого Духа, но Сын по природе».

Ориген почерпнул эту идею не из Библии, поскольку Писание учит, что единородный сын Иеговы — «рожден прежде всякой твари» и есть «начало создания Божия» (Колоссянам 1:15; Откровение 3:14). По словам историка религии Августа Неандера, Ориген стал рассматривать Христа как «вечнорожденного» на основании «знаний, приобретенных им в платоновской школе». Таким образом, Ориген нарушил основной библейский принцип: «Не мудрствовать сверх того, что написано» (1 Коринфянам 4:6).

Поскольку Ориген смешивал библейские учения с греческой философией, его богословские идеи осквернились ложными представлениями, что имело катастрофические последствия для христианского мира. Например, хотя большинство беспочвенных аргументов Оригена были позже отвергнуты, его понимание Христа как «вечнорожденного» положило начало небиблейскому учению о Троице. В книге «Церковь первых трех веков» отмечается: «Пристрастию к философии [привнесенному Оригеном] не суждено было быстро исчезнуть». К чему же это привело? «Простота христианской веры была утрачена, и в церковные учения проникло немало ошибочных взглядов».