Иосиф Флавий сообщает еще об одном возникновении беспорядков. На сооружение водопровода для доставки воды в Иерусалим с расстояния примерно 40 км Пилат взял деньги из сокровищницы Иерусалимского храма. Когда Пилат прибыл в город, против того, что он сделал, с шумным протестом выступили огромные толпы людей. Тогда Пилат повелел воинам переодеться, смешаться с народом и по условному сигналу напасть на протестующих. В итоге многие иудеи были ранены, а некоторые и убиты (Иудейские древности. XVIII. 3. 2; Иудейская война. II. 9. 4). По всей видимости, строительство водопровода было доведено до конца. Последний из названных конфликтов часто отождествляют со случаем, когда Пилат «смешал [кровь галилеян] с кровью их жертвоприношений», о чем говорится в Луки 13:1. Эти галилеяне, надо полагать, были убиты прямо на территории храма. Невозможно точно установить, идет ли речь о том случае, который описал Флавий, или же о каком-то другом. Однако, поскольку галилеяне были подданными Ирода Антипы, правителя области Галилеи, эта резня могла, по крайней мере в какой-то степени, посодействовать вражде, существовавшей между Пилатом и Иродом до времени суда над Иисусом (Лк 23:6—12).

Согласно иудейскому историку Иосифу Флавию, с самого начала отношения Пилата с его подданными не сложились по его вине. Однажды ночью он послал в Иерусалим римских воинов, несших знамена с изображением императора, что вызвало сильное негодование. Представители иудеев отправились в Кесарию, чтобы выразить свое недовольство по поводу нахождения в городе этих знамен и потребовать, чтобы их убрали. После пяти дней переговоров Пилат попытался запугать парламентеров, пригрозив, что с ними расправятся его воины, но их решимость стоять на своем заставила его уступить их требованию (Иудейские древности. XVIII. 3. 1).

Позднее Пилат был отстранен от должности. По словам Флавия, это было вызвано жалобами, с которыми обратились самаритяне к непосредственному начальнику Пилата — наместнику Сирии Вителлию. Они возмущались тем, что Пилат убил многих из них, когда какой-то самозванец созвал их на горе Гаризим для поиска священных сокровищ, якобы спрятанных там Моисеем. Вителлий приказал Пилату явиться в Рим, чтобы предстать перед Тиберием, а на его место назначил Марцелла. Тиберий умер в 37 г. н. э., пока Пилат был еще на пути в Рим (Иудейские древности. XVIII. 4. 1, 2).