Однако в области религии перед нами предстает совсем иная картина. Майя почитали множество богов, например бога солнца, луны, дождя, кукурузы и многих других. Их жрецы вели тщательные наблюдения за звездами. Религиозные обряды сопровождались курением благовоний, почитанием изображений, ритуальным кровопусканием и самоистязанием, а также приношением в жертву людей: пленных, рабов и особенно детей.

Вот что говорится о современных майя в одной книге: «Майя почитают силы природы и своих предков, совершая свои ритуалы на полях, горах и в пещерах... и в то же время молятся в церкви святым» (The Mayas—3000 Years of Civilization). Бог Кецалькоатль, или Кукулькан, отождествляется у них с Христом, а богиня луны — с Девой Марией. Культ священного дерева сейба заменило почитание креста, который до сих пор орошают водой, как будто это живое дерево. На крестах не изображают распятого Христа. Чаще их украшают цветками сейбы.