Слово «самаритяне» впервые используется в Писании после описания захвата десятиплеменного царства Самария в 740 г. до н. э.; так были названы те, кто жил в северном царстве до того, как оно было захвачено, в отличие от чужеземцев, которые были переселены туда из других частей Ассирийской империи (2Цр 17:29). По всей видимости, ассирийцы не увели из Самарии всех израильтян, так как, судя по 2 Летописи 34:6—9 (ср. 2Цр 23:19, 20), при правлении царя Иосии там по-прежнему жили некоторые израильтяне. Со временем под «самаритянами» стали подразумеваться потомки тех, кто остался в Самарии, и тех, кого переселили туда ассирийцы. Можно сделать вывод, что некоторые самаритяне родились от смешанных браков. Позднее слово «самаритянин» стало указывать больше на религиозную принадлежность, чем на национальную или политическую. «Самаритянином» называли того, кто принадлежал к религиозной секте, процветавшей на территории древнего Сихема и Самарии, и кто придерживался догматов, чуждых иудаизму (Ин 4:9).

Возможно, в IV в. до н. э. самаритяне в противовес храму в Иерусалиме построили храм на горе Гаризим. По мнению некоторых, это событие ознаменовало окончательное отделение иудеев и самаритян, хотя другие полагают, что это случилось на 100 лет позже. Когда Иисус Христос начал свое служение, пропасть между этими двумя народами все еще существовала, хотя примерно за 150 лет до этого храм на горе Гаризим был разрушен (Ин 4:9). Самаритяне продолжали поклоняться на горе Гаризим (Ин 4:20—23), и иудеи относились к ним с презрением (Ин 8:48). Зная об отношении иудеев к самаритянам, Иисус смог преподать важный урок в примере о добром самаритянине (Лк 10:29—37).