Efter några dagar lämnade han landet och begav sig till England. Men han återvände till Dublin efter tio veckor för att klara upp några affärer, så att han sedan kunde flytta till London för gott. I ett försök att försvara sina åsikter lät han där publicera An Humble Inquiry Into the Scripture-Account of Jesus Christ. I den gav han bevis från Bibeln för att Jesus inte kan vara den allsmäktige Guden. Det här gjorde flera i hans gamla församling rasande, och de lämnade in en formell anmälan till Irlands högsta domstol.

Emlyn blev gripen och ställd inför rätta i Dublin den 14 juni 1703. I sin skrift True Narrative of the Proceedings säger han att han var anklagad ”för att ha skrivit och publicerat en bok där man menar att jag hädiskt och illvilligt påstått ... att Jesus Kristus inte är jämlik Gud Fadern”. Rättegången blev en fars. Sju biskopar satt tillsammans med domarna på domarsätet. Emlyn fick inte lov att försvara sig.