På grund av den frodiga växtligheten vid En-Gedi, men också därför att platsen var svårtillgänglig, var detta ett idealiskt gömställe för David när han var på flykt undan kung Saul. I Bibeln talas det om ”bergfästena i En-Gedi”. (1Sa 23:29) I överensstämmelse med detta har nutida besökare beskrivit de farliga och branta bergspassen i området.

Det finns en mängd stora grottor i En-Gedis klippor, och det kan ha varit i en av dessa grottor som David och hans män gömde sig. (1Sa 24:3) En del menar att ”fårfållorna av sten”, som Saul stannade vid, kan ha varit sådana grottor framför vilka man hade byggt en mur som skydd mot väder och vind. (1Sa 24:2–10)