Estienne var ivrig att fullborda den latinska bibeln på samma sätt som man redan hade gjort med de latinska klassikerna. Han inriktade sig på att så nära som möjligt försöka återställa originaltexten till Hieronymus’ latinska bibelöversättning, Vulgata, från 400-talet.

En förbättrad Vulgata

Hieronymus hade översatt från Bibelns originalspråk, hebreiska och grekiska, och när Estienne levde hade Vulgata funnits i tusen år. Många fel och förvanskningar hade smugit sig in som en följd av att man under generationer hade skrivit av Vulgata för hand. Under medeltiden hade Bibelns av Gud inspirerade ord dessutom beslöjats av en invecklad härva av medeltida legender, parafraserade avsnitt och textförfalskningar. Dessa hade blivit så uppblandade med bibeltexten att man började erkänna dem som inspirerade.

För att eliminera allt som inte fanns i originalet tillämpade Estienne den textkritiska metod som användes vid studier av klassisk litteratur. Han letade reda på de äldsta och bäst bevarade handskrifterna som fanns att tillgå. I biblioteken i Paris med omnejd och på sådana platser som Évreux och Soissons hittade han flera forntida handskrifter, bland annat en som föreföll vara från 500-talet. Estienne jämförde noga de olika latinska texterna avsnitt för avsnitt och valde ut de avsnitt som tycktes ha mest stöd. Det verk som blev resultatet, nämligen Estiennes bibelutgåva, publicerades år 1528 och var ett betydelsefullt steg framåt när det gäller att förbättra Bibelns textäkthet. Reviderade upplagor följde. Andra hade före honom försökt korrigera Vulgata, men Estiennes utgåva var den första som innehöll en utförlig textkritisk apparat. I marginalerna markerade Estienne var han hade utelämnat vissa tvivelaktiga avsnitt eller ställen där fler än en variant var möjlig. Han noterade också de handskriftskällor som gav belägg för korrigeringarna.

Estienne introducerade många andra särdrag som var ganska nya på 1500-talet. Han gjorde skillnad mellan de apokryfiska böckerna och Guds ord. Han placerade Apostlagärningarna efter evangelierna och före Paulus’ brev. Överst på varje sida angav han några nyckelord som skulle hjälpa läsarna att hitta särskilda avsnitt. Det var det första exemplet på vad som nu för tiden vanligen kallas kolumntitel. I stället för att använda den tunga gotiska skriftstilen, som ursprungligen kom från Tyskland, var Estienne en av de första som tryckte hela Bibeln i den tunnare och mer lättlästa skriftstilen antikva som nu är i allmänt bruk. Han försåg också Bibeln med många korshänvisningar och filologiska anmärkningar som var till hjälp för att klargöra vissa avsnitt.

Många adelsmän och präster uppskattade Estiennes bibelutgåva därför att den var bättre än alla andra utgåvor av Vulgata. På grund av sin förträfflighet, sitt utförande och sin användbarhet blev hans utgåva ett standardverk, och man tog snart efter den i hela Europa.

Sorbonnes censur motstod alla textkritiska utgåvor av Vulgata och översättningar av den till var mans språk och betraktade sådana utgåvor som inte bara ”oanvändbara för kyrkan, utan som fördärvliga”. Den här inställningen var inte så förvånande i en tid då reformatorer ifrågasatte kyrkans läror, ceremonier och sedvänjor som inte var grundade på Bibeln. Många teologer vid Sorbonne höll emellertid kyrkans aktade läror högre än en exakt återgivning av själva Bibeln. En teolog sade: ”Så fort lärorna har inhämtats, är Bibeln som en byggnadsställning som man flyttar när väggen är färdigbyggd.” De flesta vid fakulteten kunde varken hebreiska eller grekiska, men ändå föraktade de dessa forskningar av Estienne och andra lärda personer under renässansen vilka studerade grundbetydelsen av de ord som användes i Bibeln. En professor vid Sorbonne spekulerade till och med i att ”spridandet av kunskaper i grekiska och hebreiska skulle medföra fördärv för alla religioner”.

Sorbonne går till angrepp

Även om de tidiga utgåvorna av Estiennes Vulgata hade passerat fakultetens censur, hade det inte skett utan motstånd. Vulgata hade sedan 1200-talet varit universitetets officiella bibel, och många betraktade texten som ofelbar. Fakulteten hade till och med fördömt den respekterade och lärde Erasmus för hans arbete med Vulgata. Tanken att en lekman och boktryckare från orten skulle våga korrigera den officiella texten var oroväckande för många.

Kanske var det Estiennes randnoter som oroade teologerna mest. Randnoterna kastade tvivel över trovärdigheten hos texten i Vulgata. Estiennes önskan att klarlägga vissa avsnitt resulterade i att han anklagades för att inkräkta på teologins område. Han tillbakavisade anklagelserna och menade att hans randnoter var enbart korta förklaringar eller att de hade språkvetenskaplig karaktär. Hans randnot till 1 Moseboken 37:35 förklarade till exempel att ordet ”helvete” [latin: infernum] på det här stället inte kunde uppfattas som en plats där de onda straffas. Fakulteten anklagade honom för att förneka själens odödlighet och ”helgonens” medlande kraft.

Men Estienne åtnjöt kungens gillande och beskydd. Frans I visade stort intresse för den tidens forskning, särskilt för sin kunglige boktryckares arbeten. Det sägs att han till och med besökte Estienne och att han vid ett tillfälle väntade tålmodigt när Estienne i sista minuten gjorde några justeringar av en text. Med kungens stöd trotsade Estienne Sorbonne.

Teologerna förbjuder hans bibelutgåvor

Men år 1545 fick händelserna till följd att Sorbonnes stora raseri fokuserades på Estienne. Eftersom de katolska universiteten i Köln, Leuven (Belgien) och Paris insåg fördelen med att ha en enad front mot reformatorerna, hade de tidigare kommit överens om att samarbeta i att censurera oortodoxa läror. När teologerna vid universitetet i Leuven skrev till Sorbonne och uttryckte sin förvåning över att Estiennes bibelutgåvor inte förekom på Parisuniversitetets förteckning över fördömda böcker, ljög teologerna vid Sorbonne när de svarade att de verkligen skulle ha fördömt dem om de hade sett dem. Estiennes fiender inom fakulteten var nu övertygade om att det anseende som de båda fakulteterna i Leuven och Paris hade skulle vara tillräckligt för att övertyga Frans I om sin boktryckares misstag.

Under tiden hade Estienne, som varnats för sina fienders avsikter, gått till kungen. Estienne föreslog att om teologerna framställde en förteckning över alla fel de hade hittat, skulle han vara villig att trycka dessa tillsammans med teologernas rättelser och låta dem följa med varje bibel som såldes. Den lösningen vann kungens gillande. Han bad sin kunglige lektor, Pierre du Chastel, sörja för att det blev gjort. I oktober 1546 skrev fakulteten till du Chastel med protester och förklaringar att Estiennes bibelutgåvor var ”föda för dem som förnekar tron och stöder de allmänt utbredda ... kätterska lärorna” och att utgåvorna var så fulla av fel att de förtjänade att ”fullständigt utplånas och utrotas”. Kungen blev inte övertygad, utan befallde nu personligen fakulteten att framställa en förteckning över de passager de ogillade, så att de kunde tryckas tillsammans med Estiennes bibelutgåvor. Teologerna lovade att göra så, men i själva verket gjorde de allt de kunde för att slippa framställa en detaljerad förteckning över förmodade fel.

Frans I dog i mars 1547, och därmed miste Estienne den mäktigaste av sina allierade mot Sorbonnes makt. När Henrik II tillträdde tronen, förnyade han sin fars befallning att fakulteten skulle framställa en förteckning över de ogillade passagerna. Men Henrik II iakttog hur de tyska furstarna använde sig av reformationen i politiska syften och var inte så intresserad av de förmodade för- eller nackdelarna med den kunglige boktryckarens bibelutgåvor, utan var mer intresserad av att bevara Frankrike katolskt och förenat under sin nye kung. Den 10 december 1547 beslutade kungens riksråd att försäljningen av Estiennes bibelutgåvor skulle förbjudas tills teologerna kunde framställa sin förteckning över ogillade passager.

Återigen befallde kungen att förteckningen över det fakulteten hade ogillat skulle lämnas till hans riksråd. Fakulteten svarade omedgörligt att ”teologer inte har för vana att i skrift uttrycka orsakerna till att de fördömer något som kätterskt, utan att de endast kan svara på det genom det talade ordet, som man måste tro på, för annars blir det inte någon ände på allt skrivande”. Henrik gav efter. Det slutliga förbudet utfärdades. Så gott som alla bibliska verk som Estienne hade framställt fördömdes. Även om han hade undkommit lågorna på Place Maubert, beslöt han sig för att lämna Frankrike inför möjligheten av ett totalförbud mot hans bibelutgåvor och sannolikheten för ytterligare ofredanden.

Boktryckare i landsflykt

I november 1550 flyttade Estienne till Genève i Schweiz. I Frankrike hade fakulteten gjort det olagligt att publicera vilken som helst bibelutgåva utom Vulgata. När Estienne nu var fri att publicera vad han ville, tryckte han om sitt grekiska ”Nya testamente” år 1551 med två latinska utgåvor (Vulgata och Erasmus’) i parallella spalter.