Johannes Hyrcanus, Simons ende kvarlevande son, varnades för mördarna och lät gripa dem och efterträdde därefter sin far som ledare och överstepräst.

Josephus berättar att Johannes Hyrcanus först var en elev till och anhängare av fariséerna. Men vid ett tillfälle förebrådde fariséerna honom för att han inte avsade sig översteprästämbetet. Detta ledde till en dramatisk brytning. Hyrcanus förbjöd fariséernas religiösa ritualer. Som ytterligare bestraffning tog han parti för sadducéerna, fariséernas religiösa motståndare.