Inkvisitionens rötter går tillbaka till 1000- och 1100-talen, då flera oliktänkande grupper började framträda i det katolska Europa. Men den egentliga inkvisitionen instiftades av påven Lucius III vid synoden i Verona i Italien år 1184. I samarbete med kejsaren av Tysk-romerska riket, Fredrik I Barbarossa, förklarade han att vemhelst som sade något eller ens tänkte något som stred mot den katolska läran skulle bannlysas av kyrkan och vederbörligen straffas av de världsliga myndigheterna. Biskoparna skulle undersöka (latin: inquirere) kättarna. Detta var början till vad som kallades den biskopliga inkvisitionen, dvs. den inkvisition som var underställd de katolska biskoparna.

Således fanns det en tid två samtidiga inkvisitioner — biskoparnas och legaternas, och den senare var strängare än den förra.