De två huvudriktningarna inom islam utgörs av shiiter och sunniter. Inom var och en av dessa riktningar finns emellertid ett stort antal mindre fraktioner. Av 100 muslimer är cirka 83 sunniter och 15 shiiter. De övriga tillhör sekteriska grupper av många olika slag, till exempel druserna, de svarta muslimerna och abanganerna i Indonesien, som blandar islam med buddistiska, hinduistiska och lokala religiösa sedvänjor.

Ett kännetecknande drag för den shiitiska minoriteten är uppfattningen att Koranen och dess religion har hemlighetsfull innebörd och kan uttolkas endast av några få utvalda. Men det som ursprungligen låg bakom den shiitiska schismen var frågan om Muhammeds efterträdare. Shiiterna (ett ord som betyder ”partianhängare” och har avseende på ”anhängare till Alīs parti”) håller fast vid en lärosats som kallas legitimism och som går ut på att det rättmätiga ledarskapet är begränsat till Alī, Muhammeds kusin och svärson, och till Alīs avkomlingar.

Alī och hans avkomlingar var imamer, andliga ledare med oinskränkt makt. Det råder en viss oenighet om hur många imamer som egentligen funnits, men den största shiitiska gruppen, de s. k. imamiterna eller ”tolvorna”, erkänner 12 rättmätiga imamer. Den tolfte imamen är sedan år 878 v.t. ”dold”; han sägs nämligen ha försvunnit efter att ha lovat återvända vid världens ände för att upprätta en rättvis islamisk regering.

Shiitiska muslimer firar årligen minnet av Muhammeds dotterson Husains martyrdöd. Den islamiske författaren Rahman säger beträffande detta: ”En shiitisk muslim, som från barndomen matats med symboliska framställningar av denna händelse, utvecklar naturligtvis gärna en djup känsla av tragik och orättvisa, som i sin tur ger upphov till ett martyrideal.”

En sekterisk riktning som vunnit en viss popularitet på senare tid är bahaismen, som härstammar från Persien, där den i mitten av 1800-talet utvecklades ur shiitisk islam.