Men det var under hans brors, Alexander Jannaeus, styre, åren 103–76 f.v.t., som den hasmoneiska dynastin nådde höjden av sin makt.

Alexander Jannaeus förkastade den tidigare linjen och förklarade öppet sig själv som både överstepräst och kung. Spänningarna mellan hasmonéerna och fariséerna intensifierades, vilket ledde till inbördeskrig och 50.000 judars död. Efter det att upproret kvästs dödade Jannaeus 800 rebeller på ett sätt som förde tanken till hedniska kungar. Han hängde upp dem på pålar, och i deras dödsögonblick slaktades deras hustrur och barn inför deras ögon, medan Jannaeus inför alla höll kalas tillsammans med sina bihustrur.b

Trots sin fiendskap med fariséerna var Jannaeus en pragmatisk politiker. Han såg att fariséernas stöd bland folket bara växte. På dödsbädden gav han sin hustru, Salome Alexandra, föreskrifter om att samregera med dem. Jannaeus hade utsett henne i stället för sina söner till rikets arvinge.