Detta religiösa arv har inte skänkt landet fred. Krig har i hög grad präglat Paraguays historia och har efterlämnat djupa ärr i folkets liv. Under åren 1864–1870 stred landet, under ledning av Francisco Solano López, mot Brasilien, Argentina och Uruguay — med katastrofala följder. Enligt de källor som finns att tillgå uppgick landets befolkning i början av kriget till omkring en miljon eller kanske ännu mer. I slutet av kriget sägs den ha decimerats till omkring 220.000, varav minst 190.000 var kvinnor och barn. Fler krig följde. Ett av dem bottnade i en tvist med Bolivia om Chacoområdet, och andra berodde på politiska oroligheter. Därför är det kanske inte förvånande att de paraguayaner som har velat ha makt över andra ofta har tillgripit våld för att nå sina syften.

År 1932 blev Paraguay invecklat i ännu ett krig, den här gången med Bolivia. Ännu en gång blev landets befolkning decimerad. Kriget hade också negativa verkningar på landets ekonomi och skapade osäkra förhållanden för förkunnare från andra länder som ville föra de goda nyheterna om Guds kungarike till Paraguay.