Många av hans elever brottades med samtidens filosofiska frågor. För att hjälpa dem undersökte Origenes noggrant de olika filosofiska skolor som formade hans unga elevers sinnen. Han föresatte sig att kunna ge tillfredsställande svar på sina elevers filosofiska frågor.

I ett försök att förena Bibeln och filosofin satte Origenes sin fulla tilltro till den allegoriska bibeltolkningen. Han antog att Bibeln alltid hade en symbolisk innebörd utan att nödvändigtvis ha en bokstavlig sådan. Som en kännare konstaterade, gav detta Origenes ”möjlighet att i Bibeln läsa in vilka som helst icke-bibliska föreställningar som passade ihop med hans egen teologi, medan han påstod sig (och utan tvivel uppriktigt föreställde sig) vara en särskilt entusiastisk och trogen tolkare av Bibelns tanke”.

Ett brev som Origenes skrev till en av sina elever hjälper oss att förstå hans sätt att tänka. Origenes framhöll att israeliterna använde guld från Egypten när de tillverkade redskap till Jehovas tempel. I detta fann han allegoriskt stöd för sin användning av grekisk filosofi för att undervisa om kristendomen. Han skrev: ”Israels barn hade verkligen stor nytta av de saker som togs med från Egypten, vilka egyptierna inte hade gjort rätt bruk av men som hebréerna, vägledda av Guds vishet, använde i Guds tjänst.” Origenes uppmuntrade därför sina elever att ”från grekernas filosofi hämta fram vadhelst som kan tjäna som ett ämne för studium eller som en förberedelse för kristendomen”.

Denna fria tolkning av Bibeln suddade ut gränserna mellan de kristna lärorna och grekisk filosofi. I sin bok De principiis (Om grunderna) beskrev Origenes Jesus som Guds ”enfödde Son, som är född, ... men utan någon början”. Och han tillade: ”Detta frambringande är evigt och beständigt. Det är ... inte utifrån (eller) genom en adoption av Anden som han blir Son, utan det är till sitt väsen han är Son.”

Origenes tog inte den här tanken från Bibeln. Den lär nämligen att Jehovas enfödde Son är ”den förstfödde av all skapelse” och ”Guds skaparverks början”. (Kolosserna 1:15; Uppenbarelseboken 3:14) Enligt religionshistorikern August Neander kom Origenes fram till sin föreställning om ”evigt frambringande” under sin ”utbildning i filosofi i den platonska skolan”. Origenes bröt därigenom mot den grundläggande bibliska principen: ”Gå inte utöver det som står skrivet.” — 1 Korinthierna 4:6.

Genom att Origenes blandade bibliska läror med grekisk filosofi blev hans teologi full av oriktiga uppfattningar, med ödesdigra konsekvenser för kristenheten. Även om flertalet av Origenes vilda spekulationer senare förkastades, bidrog hans uppfattningar om Kristi ”eviga frambringande” till att lägga grunden för den icke-bibliska treenighetsläran. I boken The Church of the First Three Centuries kan man läsa: ”Förkärleken för filosofi [introducerad av Origenes] hade kommit för att stanna.” Med vilket resultat? ”Den kristna trons enkelhet förvrängdes, och en oändlig mängd felaktigheter strömmade in i kyrkan.”