Josephus nämner också ett annat tillfälle då det uppstod oroligheter under Pilatus tid som ståthållare. För att bygga en ca 40 km lång akvedukt som skulle leda vatten till Jerusalem använde Pilatus pengar från tempelskatten. Stora folkskaror protesterade högljutt mot detta när han besökte staden. Pilatus skickade in förklädda soldater i folkskaran, och på en given signal gick de till attack. Många av judarna skadades eller dödades. (Antiquitates Judaicae [Den forntida judiska historien], XVIII, 60–62 [iii, 2]; Bellum Judaicum [Det judiska kriget], II, 175–177 [ix, 4]) Byggnadsprojektet blev tydligtvis fullbordat. Det framhålls ofta att det var i förbindelse med den här konflikten som Pilatus blandade blodet av några galiléer med deras slaktoffer, som det sägs i Lukas 13:1. Detta tyder på att dessa galiléer dödades på själva tempelområdet. Man kan inte med bestämdhet avgöra om denna händelse har anknytning till det som Josephus beskriver eller om det rör sig om en annan händelse. Men eftersom galiléerna var undersåtar till Herodes Antipas, landsdelshärskaren i Galileen, kan denna massaker åtminstone ha varit en bidragande orsak till den fiendskap som rådde mellan Pilatus och Herodes ända fram till rättegången mot Jesus. (Lu 23:6–12)

Enligt den judiske historikern Josephus fick Pilatus ett dåligt förhållande till sina judiska undersåtar redan från början. En natt sände han romerska soldater som bar fälttecken med kejsarens bild in i Jerusalem. Detta väckte stor förbittring, och en delegation av judar gav sig av till Caesarea för att protestera mot att fälttecknen hade förts in i Jerusalem och för att kräva att de skulle avlägsnas. Efter fem dagars förhandlingar försökte Pilatus skrämma delegationen genom att hota dem med att de skulle bli avrättade av hans soldater, men när de höll fast vid sitt krav gick han med på det. (Antiquitates Judaicae [Den forntida judiska historien], XVIII, 55–59 [iii, 1])