En tid innan Filemon fick Paulus brev hade hans slav Onesimos rymt från honom. Denne förrymde slav hade kanske till och med stulit från sin herre för att kunna finansiera resan till Rom, där han senare träffade Paulus och blev kristen. (Flm 10, 11, 18, 19; se SLAV.)

Apostelns syfte med att skriva brevet var att uppmuntra Filemon att välvilligt ta emot sin förrymde slav, Onesimos. I stället för att använda sin myndighet som apostel till att befalla honom att göra det vädjade Paulus till honom på grundval av kärleken och deras personliga vänskap. (Flm 8, 9, 17) Eftersom Paulus visste att Filemon hade tro och kärlek, litade han på att han skulle ta emot sin slav, som förut hade varit till ingen nytta men som nu hade blivit kristen, på samma sätt som han skulle ha tagit emot aposteln själv. (V. 10, 11, 21) Detta är särskilt anmärkningsvärt med tanke på att Filemon hade laglig rätt att ge Onesimos ett strängt straff.