O sırada, öğrencilerinden birçoğu çağdaş felsefi meselelerle mücadele etmekteydi. Origenes onlara yardım etme çabasıyla, genç öğrencilerinin düşüncelerini şekillendiren çeşitli felsefe ekolleriyle ilgili dikkatli bir araştırma yaptı. Öğrencilerinin felsefi sorularına tatmin edici yanıtlar bulmaya koyuldu.

Origenes Mukaddes Kitabı felsefeyle barıştırma çabasında, Kutsal Yazıları simgesel yorumlama yöntemine çok güvendi. Kutsal Yazıların her zaman ruhi bir anlamı olduğunu, harfi bir anlamının olması gerekmediğini sandı. Bir bilginin söylediği gibi, bu yüzden Origenes “Mukaddes Kitabın düşünüşünün özellikle coşkulu ve sadık bir yorumcusu olduğunu (şüphesiz içtenlikle sanarak) iddia ederken, kendi ilahiyat sistemiyle uyumlu olan Mukaddes Kitap dışı hangi fikir varsa, ona da Mukaddes Kitaptan bir anlam verebiliyordu.”

Origenes’in, öğrencilerinden birine yazdığı bir mektup onun düşünme tarzı hakkında anlayış sağlar. Origenes, İsraillilerin Mısır’ın altınını kullanarak Yehova’nın mabedi için kaplar yaptıklarına dikkat çekti. Bunu, Hıristiyanlığı öğretmek için Yunan felsefesini kullanmasına simgesel bir dayanak olarak gösterdi. Şöyle yazdı: “Mısır’dan getirdikleri şeyler İsrail’in çocukları için ne kadar yararlı oldu! Mısırlılar’ın uygun şekilde kullanmadıkları bu şeyleri Tanrı’nın hikmetinin rehberlik ettiği İbraniler Tanrı’nın hizmetinde kullandılar.” Böylece Origenes öğrencilerini, “Hıristiyanlık için bir araştırma konusu ya da bir hazırlık olarak işe yarayabilecek herhangi bir şeyi Yunan felsefesinden seçip almaya” teşvik etti.

Origenes’in Mukaddes Kitabın yorumuna ilişkin bu sınır tanımayan yaklaşım tarzı, Hıristiyan öğretileriyle Yunan felsefesini birbirinden ayırmayı zorlaştırdı. Örneğin Origenes, Origen de Principiis (İlk İlkeler Üzerine) adlı kitabında İsa’yı ‘doğmuş, fakat başlangıcı olmayan biricik Oğul’ olarak betimledi. Ve şunları ekledi: ‘Onun oluşumu sonsuz ve ebedidir. Onu bir Oğul yapan, aldığı hayat nefesi ya da dışarıdan olan herhangi bir eylem değil, Tanrı’nın Kendi özüdür.’

Origenes bu düşünceyi Mukaddes Kitapta bulmadı; çünkü Kutsal Yazılar Yehova’nın biricik Oğlunun “bütün hilkatin [yaradılışın] ilk doğanı” ve “Allahın hilkatinin başlangıcı” olduğunu öğretir. (Koloseliler 1:14; Vahiy 3:14) Din tarihçisi Augustus Neander’e göre, Origenes “Platoncu ekolde aldığı felsefe eğitimi” yüzünden “sonsuz oluşum” kavramına ulaştı. Bu nedenle Origenes, Kutsal Yazılardaki şu temel ilkeyi çiğnedi: “Yazılmış olanın dışına çıkmayın.”—I. Korintoslular 4:6, Müjde.

Mukaddes Kitabın öğretilerini Yunan felsefesiyle karıştıran Origenes’in ilahiyatına yanlışlar serpiştirildi ve bunun Hıristiyan Âlemi için feci sonuçları oldu. Örneğin, Origenes’in asılsız spekülasyonlarının çoğu sonradan reddedilmiş olmasına rağmen; onun Mesih’in “sonsuz oluşumu” hakkındaki görüşleri, Mukaddes Kitaba dayanmayan Üçlük öğretisi için temel oluşturmaya yardım etti. The Church of the First Three Centuries (İlk Üç Yüzyılın Kilisesi) adlı kitap şunu söylüyor: “[Origenes’in başlattığı] felsefe düşkünlüğü uzun bir zaman boyunca varlığını sürdürecekti.” Sonuç ne oldu? “Hıristiyan imanının sadeliği bozuldu ve bitmek bilmeyen yanlışlar Kilise’nin içine girdi.”