曾有一段很长的时间，不同的国家都争夺阿尔巴尼亚的控制权，结果为当地带来不少宗教冲突。到16世纪初，阿尔巴尼亚在宗教方面四分五裂，有些人自称是伊斯兰教徒，有些人自称是东正教徒，也有些人自称是天主教徒。

后来，鉴于政府的政策，宗教组织实际上无法存在。第二次世界大战以后，共产政权取缔了所有宗教组织，宣告阿尔巴尼亚为世上第一个无神主义的国家。