然而，宗教却是马雅文明的阴暗面。马雅人崇拜各种各样的神祇，包括太阳神、月亮神、雨神、玉米神，以及许多别的神。他们的祭司热中于观察星象。马雅人崇拜时会献香、放血、使用偶像、自残身体和献上活人，特别是献囚犯、奴隶或儿童为祭。

谈到现代的马雅人，《马雅文明三千年》（英语）一书说：“马雅人既在原野、洞穴、山林敬奉祖先和自然界的各种力量……又在教堂里崇拜圣人。”在马雅人眼中，羽蛇神库库勒堪就是耶稣，月亮女神也等同圣母马利亚。另外，马雅人虽然以崇拜十字架取代敬奉神圣木棉树，却给十字架浇水，像给树浇水一样。他们的十字架上没有耶稣像，却用了木棉花来装饰。