事情究竟是怎樣發生的？
無法避免的另一個難題是:倘若進化是真的，它究竟怎樣發生呢？什麼促使生物改變得如此厲害，以致單細胞的植物和動物不斷演變為更高等的生物呢？
進化論學家說這是由細胞核內部的改變所促成的。他們認為這件事所牽涉到的主要成分是遺傳因子、即染色體中攜帶遺傳性的部分。
遺傳因子所發生的改變稱為突變。進化論學家說新的特性是由遺傳因子所促成的，這便是，單細胞的生物可以逐步進化成為人的原因。英國遺傳學家高勒教授聲稱:「突變造成易變性，由於這緣故，突變是進化過程所必需的。」
有產生任何新東西嗎？
可是這些改變，突變，真的能夠產生新的特徵嗎？不，並不能，正如摩爾教授指出:「任何遺傳因子突變的結果均只僅於將已有或已知的特性稍為改變而已。」因此每種遺傳因子突變無非是已有特性的變易。這造成若干變化，但沒有一樣是完全新的。
例如，遺傳因子的突變可使人的毛髮改變顏色、質地或長度。但毛髮依然是毛髮。它們永不會變成羽毛。人的手可能因突變而改變，但手還是手，並不會變成鳥翼。再者，這些改變只限於某個範圍內而不會距離平均程度太遠。舉例說:人也許能長至7呎（2公尺餘）高（如華杜西斯族人）或4呎（1公尺餘）高（黑種矮人）。有少數人可能超過7呎（聖經提及巨人哥利亞身高9呎5.7吋［3公尺餘］），而少數侏儒也許不及4呎高。可是突變永不能使人長至20呎（6公尺餘）高或矮至6吋（15公分）。大多數人的高度都在5和6呎（2公尺左右）的平均數字之間。
同時，突變所產生的變易通常十分微小，永不會產生完全不同的特徵。因此《對達爾文重作檢討》一書的作者論及備受尊崇的遺傳學家，已故的高士密，說:「經過多年觀察果蠅的突變之後，高士密感到絕望。他慨嘆這些突變是如此無望地微小，以致即使一個品種發生一千次突變，這仍然無法產生任何新的品種。」
更嚴重的難題
但在這件事上還有一個更嚴重的難題。這牽涉到這些反常改變的性質。這種改變，不論發生於染色體或遺傳因子中，通常都是不良的。
例如，《染色體和遺傳因子》一書論及染色體的改變說:「它許多時導致生理上和心智上的衰弱。」一個人生來若具有四十七個染色體而非四十六個，他便可能是呆子或具有心智上和生理上的缺陷。四十八個染色體則使人變成精神不健全或身體畸形。
據觀察所得，遺傳因子突變的效果也與此相同。進化論學家高勒承認說:「大多數遺傳因子的突變都是隱性和有害的，甚至可以致命。」他同時說:「廣泛的研究顯出一件事實，最大比率的突變對具有突變遺傳因子的生物極之有害。據實驗所得，經過數千次有害的突變才會有一次成功或有用的突變。」
因此多數人承認，突變使有機體變成比其他正常的同類更軟弱、較少生殖力和壽命較短。史提賓斯表示，經過突變的昆蟲若與正常的同類較量，結果總是一樣「經過若干代之後，突變的一種遂被淘汰。」牠們無法繁生，因為牠們已經退化。
不錯，倘若突變對於進化如此重要，我們便應該加以歡迎和促進才對。可是請留意阿斯模夫所說:「將生物暴露在大量輻射線之下無法不增加突變的比率。這是一件令人煩惱的事，因為大多數突變都是不良的。」但是作了這樣的承認之後，他卻下結論說:「以長期而論，突變無疑會使生物向前和向上進化。」你認為這種說法合理嗎？
認為各種生物得令人驚異的細胞、器官、四肢和功能是從一種具有破壞性的程序所促成的，這樣的想法合乎邏輯嗎？請記得，正如進化論學家們承認，「經過數千次有害的突變才會有一次成功或有用的突變」。
倘若你要建造一間房屋，你會雇用一個作了數千次錯誤才有一次成功的建築工人嗎？一個駕車人在駕駛時若作了幾千次錯誤的決定才有一次良好的決定，你想與他同乘一車嗎？一個外科醫生在施行手術時若犯了數千次錯誤才做對一次，你會請他為你施手術嗎？
突變能造成眼睛嗎？
例如，人的眼睛能以這種拙劣的程序造成嗎？視覺是要眼睛的各部分均完整無缺和性能良好才能發生的。倘若有最細微的部分不妥或有任何部分未曾完成，眼睛就無法發揮機能了。它便會變成無用。
進化論學家們聲稱自然祇會接納那些能立刻發揮功用或對生物有利的改變。按照他們的理論，眼睛便永不能形成了。
也請考慮一下眼睛的種類這麼繁多，人類、動物、昆蟲、鳥類和魚類的眼睛均彼此不同。這麼多種類的眼睛意味到眼的進化必定發生過不止一次，而是以不同的方式發生過許多、許多次。你聽聞過各種不同的照相機以這種方式偶然碰巧產生嗎？絕沒有。反之它們都必須有設計者和製造者。可是，照相機比眼睛簡單得多。
因此，難怪進化論學家沙利士保利論及眼睛說:「解釋這種東西己如何產生一次已經夠糟了，但根據現代的進化學說，去解釋這些東西如何多次產生實在使我頭痛。」
此外，突變的發生頻常到什麼程度呢？《世界書本百科全書》說:「天然突變的發生如此稀罕，以致研究家未能獲得很大進步。」為了研究突變，他們要用X光和化學方法加以誘發。正如進化論學家史提賓斯說:「突變的比率差異極大……它們通常很低。由於發生的比率如此之低，以直接實驗去決定突變，『自然』發生的比率差不多全無可能」。高勒也說:「這類錯誤發生於遺傳因子中的或然率是一與一億之比。」
進化——抑或退化
由此可見，突變被人稱為一項「錯誤。」發生的機會是「一與一億之比。」在實際發生的突變中，「經過數千次有害的突變才會有一次成功或有用的突變。」在你看來，這種程序像是能修改善生物而產生更好的新品種的方法嗎？抑或這種程序看來只會破壞已經存在的生物品種而已？這是進步還是退步？
在《染色體和遺傳因子》一書中我們讀到:
「密勒估計在所有人當中，大約有百分之六由於遺傳因子突變以致生來便有若干可以察覺的缺陷。因此不足為奇地，有些生物學家認為人類雖然在文化和技術上不斷進步，在體質方面卻是退化而非進化。」
面對著這些證據，你會作出什麼結論呢？進化論的主力，突變，可說是健全嗎？抑或在各基本種類中的生物反因突變而受害？事實豈不是表現任何良好的改變僅能在生物的基本類別之內促成差異嗎？
為了對進化論的主要支柱，突變，獲得一個概念，請留意美國密芝根州立大學摩爾教授所說:
「脫氧核糖核酸的突變乃是一種錯誤，結果通常導致已知的生理特性的喪失衰弱或退步。失去生存能力，失去生殖能力，甚至因此而喪生，乃是大多數遺傳因子突變所造成的結果，……
「也許有人喜歡提出『有利的』遺傳因子突變。他們引證蛾的變色或細菌改變其所食之物作為『有利的』遺傳因子突變的結果。可是蛾或細菌的改變僅限於一種生物的範圍之內而不能超越族類的限度。……
「在嚴格的查考和分析之下，任何武斷的主張……如遺傳因子的突變是促成進化過程的原料等……都是神話的說法而已。」
［第13頁的圖片］
倘若汽車駕駛人在駕車時作了幾千次錯誤的決定才有一次是對的，你想和他同乘一車嗎？可是要有幾千次有害的突變才會有一次是有用的。
［第13頁的圖片］
人的眼睛能由像突變一般拙劣的程序所造成嗎？