第二次世界大戰襲捲歐洲，從荷蘭運送書刊到印尼的安排因而中斷。不過，弟兄早就預料會有麻煩，因此小心地在雅加達找了一間廣告公司，透過他們來印刷雜誌。第一期印尼語的《安慰報》（現在的《警醒！》雜誌）在1939年1月問世，緊接著又發行印尼語的《守望台》。弟兄們買了一台小型印刷機，開始自己印刷雜誌。1940年，他們獲得一台從澳大利亞運來的平台印刷機，就自籌經費，用來印刷印尼語與荷蘭語的冊子和雜誌。

到了1941年7月28日，當局終於全面禁止守望台社的出版物。琴恩·德尚回憶說：「有天早上，我在辦公室裡打字，突然有三個警察和一個資深的荷蘭警官闖進來，警官穿戴整齊，配備徽章、白手套、配劍和羽毛帽子。我們並不驚訝，因為三天前就有來自內部的情報，通知我們書刊快要被禁了。這個警官態度傲慢，先宣讀一份冗長的文件，接著要求到印刷間查封我們的出版物。但我丈夫告訴他，他慢了一步，那些書早在前一天就賣光了！」

不過，聖經並沒有被禁，所以弟兄們就用聖經繼續挨家挨戶傳道，主持聖經課程。但戰火在亞洲一觸即發，外國的先驅接獲指示，就一一返回澳大利亞了。

1942年初，日軍橫掃印尼，隨後施行高壓統治。很多弟兄被迫從事粗重的工作，像是修築道路或清理水溝，其他人則被囚禁在骯髒的拘留營中，他們因為拒絕支持戰爭而飽受虐待，結果至少有三位弟兄在獄中喪生。

約翰娜·哈普是一位荷蘭姊妹，住在東爪哇山區的一個村莊，因為地處偏遠，所以在戰爭的頭兩年她逃過一劫，沒有被拘禁。她和三個十幾歲的兒女把握時機，把《救恩》書及《守望台》雜誌從英語翻譯成荷蘭語。a弟兄姊妹也把這些翻譯好的刊物印製出來，然後偷偷運送到爪哇各地。

少數的耶和華見證人仍保有自由，他們分成小組聚會，也小心翼翼地傳道。約瑟芬·伊萊亞斯（本姓陳）回憶說：「我總是找機會向人作非正式見證。我會隨身帶著棋盤去找感興趣的人，這樣別人就會以為我只是想找人下棋。」費利斯·陳和妻子波拉用假裝推銷肥皂的方式，挨家挨戶地傳道。費利斯說：「可怕的日本憲兵常派人跟蹤我們，為了不讓他們起疑，我們會在不同的時段拜訪聖經學生。有六個學生進步很快，他們在戰爭期間都受浸了。」

雅加達的內部分歧

弟兄們努力適應戰爭期間的種種艱辛，可是，他們即將面對一項嚴峻的考驗。日本當局下令所有外國人（包括印尼籍華人）要辦理身分證，但是身分證上印有向日本帝國效忠的誓言，許多弟兄不禁想：「我們應該照政府要求的辦理登記，在身分證上簽名，還是該拒絕呢？」

費利斯·陳解釋說：「雅加達的弟兄要求我們這些在蘇加武眉的弟兄姊妹，不可以在身分證上簽名。我們詢問當局是否能將身分證上的文字，由『宣誓效忠日軍，特此簽名』改成『不會阻礙日軍，特此簽名』。出乎意料的是，當局竟然同意了，我們就領取了身分證。雅加達的弟兄聽到這個消息後，便把我們視為叛道者，毅然與我們斷絕關係。」

可悲的是，原先堅持不簽名的弟兄，被逮捕後卻改變立場，聲明放棄信仰。當時，安德烈·伊萊亞斯和一位不願簽名的弟兄都被關在獄中。安德烈說：「為了幫助他有比較平衡合理的看法，我跟他解釋身分證登記這件事，後來他謙卑地向我道歉，說他很後悔跟我們斷絕來往。我們彼此鼓勵，共度了美好的時光。但令我傷心的是，因為監獄環境惡劣，他在拘捕期間不幸過世。」