教皇派遣「處理異端」的特別代表前往該地。宗教裁判所（英文Inquisition）遂在鎮上設立起來。

宗教裁判所的根源可以追溯到十一和十二世紀，當時反對天主教的異議團體紛紛在天主教的歐洲各地出現。但宗教裁判所是在1184年，由教皇魯西斯(Lucius)三世在意大利威洛納宗教會議上正式創立的。由於神聖羅馬帝國皇帝腓特烈一世與之合作，教皇遂下詔，任何人若談論甚或思想與天主教相反的教義，就得被逐出教會和遭受世俗權威的懲罰。主教們受命去搜出（拉丁文：inquirere）相信異端的人。這就是所謂主教宗教裁判所的開始，亦即在主教管轄之下的宗教裁判所。

毒辣的手段

可是，正如事實顯示，在羅馬眼中，主教們在搜尋離心分子方面尚不夠熱心。繼任的幾位教皇遂派出教皇特使，特使們藉著西妥教團的僧侶之助，獲得授權對異端作出獨立的「裁判」。因此有一段時期並存著兩種宗教裁判所，稱為主教宗教裁判所和使節宗教裁判所，後者比前者手段更加毒辣。

甚至這種殘酷的宗教裁判所在教皇英諾森(Innocent)三世看來還以為未足。他在1209年發動十字軍去攻打法國南部的異端分子。他們大多數是卡特爾派的教徒(Cathars)，是由摩尼教和變節的諾斯替教混合而成。a由於在阿爾比(Albi)鎮居住的卡特爾派教徒特多，他們遂被稱為阿爾比人。

攻打阿爾比人的「聖戰」在1229年結束，但異端分子尚未全被撲滅。因此在同一年，教皇格列哥里(Gregory)九世在法國南部土魯斯(Toulouse)的宗教會議上重新策動宗教裁判所。他在每個教區委任多個永久性的裁判者，包括一名教士在內。1231年，他制訂一條法律，不肯悔改的異端分子會被判處用火燒死，願意悔改的則判處終身監禁。

兩年之後，在1233年，格列哥里九世減輕了主教們搜尋異端分子的責任。他設立了僧侶宗教裁判所，這種裁判所因委任僧侶為正式裁判者而得名。

教皇認可的酷刑

1252年，教皇英諾森(Innocent)四世頒發通諭，正式批准在宗教裁判所的教會法庭使用酷刑。進一步的用刑細則由教皇亞歷山大(Alexander)四世、烏爾班(Urban)四世和克里門(Clement)四世宣布。

初時，教會的裁判者在行刑時是不許在場的，但教皇亞歷山大四世和烏爾班四世撤除了這項禁令。因此在行刑室內可以繼續「訊問」。同樣，本來規定行刑只許一次，但教皇特派的裁判者規避這點，聲稱重新開庭拷問只是第一次開庭的「延續」而已。

教皇西托斯(Sixtus)四世在1478年批准的西班牙宗教裁判所首先被用來對付馬蘭奴人（西班牙的猶太人）和摩爾人（西班牙的回教徒）。許多由於恐懼而歸信天主教的人受到懷疑是否仍祕密奉行他們本來的宗教。

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教皇英諾森四世下令使用酷刑