Gayunpaman, maraming salik ang lubhang nagpapahirap sa pagbuo ng tiyak na mga konklusyon tungkol sa pinakasinaunang mga wika na ginamit sa Ehipto. Ang isa sa mga ito ay ang sistema ng pagsulat ng mga Ehipsiyo. Ang sinaunang mga inskripsiyon ay gumagamit ng mga pictographic sign (mga wangis ng mga hayop, mga ibon, mga halaman, o iba pang mga bagay) kalakip ng ilang hugis na heometrikal, isang sistema ng pagsulat na tinatawag ng mga Griego na hieroglyphics. Bagaman ang ilang sagisag ay kumatawan sa mga pantig, ang mga ito ay dagdag lamang sa mga hieroglyphic at hindi humalili sa mga iyon. Karagdagan pa, ang eksaktong mga tunog ng mga pantig na iyon ay hindi na alam sa ngayon. Bahagyang nakatutulong ang mga pagbanggit sa Ehipto sa ilang akdang cuneiform na sing-aga ng kalagitnaan ng ikalawang milenyo B.C.E. Ang mga transkripsiyon sa Griego ng mga pangalang Ehipsiyo at ng iba pang mga salita na nagmula pa noong mga ikaanim na siglo C.E., at ang mga transkripsiyon sa Aramaiko na nagpasimula mga isang siglo pagkaraan nito, ay nagbibigay rin ng ilang ideya tungkol sa baybay ng mga salitang Ehipsiyo na isinalin. Ngunit ang kaalaman sa ponolohiya, o sistema ng pagbigkas, ng sinaunang wikang Ehipsiyo ay pangunahin pa ring batay sa Coptic, ang uri ng Ehipsiyo na sinalita mula noong ikatlong siglo C.E. Kaya, ang kayarian ng pinakasinaunang bokabularyo nito, partikular na bago nakipamayan ang mga Israelita sa Ehipto, ay hindi matiyak. Para sa halimbawa, tingnan ang NO, NO-AMON.

Ang sulat na hieroglyphic ay pantanging ginamit para sa mga inskripsiyon sa mga bantayog at mga ipinintang larawan sa pader, kung saan iginuhit nang lubhang detalyado ang mga sagisag. Bagaman patuloy itong ginamit hanggang sa pasimula ng Karaniwang Panahon, lalo na para sa mga tekstong relihiyoso, isang di-gaanong mahirap na paraan ng pagsulat, na gumagamit ng mas simple at kabit-kabit na mga porma, ang matagal nang binuo ng mga eskribang gumamit ng tinta sa pagsulat sa katad at papiro. Tinawag itong hieratic at sinundan ito ng isang mas kabit-kabit na porma na tinawag na demotic, na partikular nang ginamit mula noong tinatawag na “Ikadalawampu’t Anim na Dinastiya” (ikapito at ikaanim na siglo B.C.E.) at patuloy. Naunawaan lamang ang kahulugan ng mga tekstong Ehipsiyo pagkatapos na matuklasan ang Batong Rosetta noong 1799. Ang inskripsiyong ito, na nasa British Museum, ay kababasahan ng isang dekreto na nagpaparangal kay Ptolemy V (Epiphanes) at nagmula pa noong 196 B.C.E. Ang mga sulat ay nasa anyong Ehipsiyong hieroglyphic, demotic, at Griego, at naunawaan ang kahulugan ng tekstong Ehipsiyo dahil sa wikang Griego.