Але найбільшого впливу династія Хасмонеїв досягла під правлінням брата Аристобула, Александра Яннея, що панував від 103 по 76 рік до н. е.

Александр Янней відкинув попередню політику, відкрито оголосивши себе царем і первосвящеником. Тож поглибився конфлікт між Хасмонеями та фарисеями, що призвело до громадянської війни, в якій загинуло 50 000 євреїв. Після того як бунт фарисеїв було придушено, Янней, подібно до язичницьких царів, наказав розп’ясти 800 бунтівників. Коли ті помирали, їхніх дружин та дітей вбивали у них на очах, а Янней у той час публічно бенкетував зі своїми наложницямиb.

Попри свою ворожість до фарисеїв Янней був прагматичним політиком. Він помітив, що фарисеї мають дедалі більшу підтримку серед народу. Будучи вже на смертному ложі, Янней наказав своїй дружині Саломеї Александрі допустити до влади і фарисеїв. Спадкоємцем трону Янней обрав свою дружину, а не одного з синів.