Багато його учнів ламали голову над філософськими спірними питаннями того часу. Аби допомогти їм, Оріген детально дослідив різноманітні філософські течії, ідеї яких полонили розуми його молодих студентів. Він прагнув знайти такі відповіді на ці філософські питання, які б повністю задовольнили студентів.

Намагаючись узгодити Біблію з філософією, Оріген вдався до методу алегоричного тлумачення Святого Письма. Він припускав, що Біблія має лише духовне значення, а необов’язково буквальне. Це, за словами одного вченого, дозволило Орігену «приписувати Біблії будь-які небіблійні ідеї, котрі підходили його власній теологічній системі. У той же час він на повний голос заявляв (і, без сумніву, сам вірив у це), що справді з особливим ентузіазмом та вірністю передає думки Біблії».

Лист, який Оріген написав одному зі своїх учнів, допомагає зрозуміти спосіб його мислення. Оріген зазначав, що ізраїльтяни зробили посуд для храму Єгови з єгипетського золота. Це стало для нього своєрідною підставою, аби використовувати грецьку філософію у навчанні християнських ідей. Він писав: «Якими ж корисними для ізраїльських дітей стали речі, які винесли з Єгипту,— речі, котрими єгиптяни не користувалися в належний спосіб, а ізраїльтяни, керовані Божою мудрістю, застосовували їх у служінні Богові». Так Оріген заохочував своїх студентів «вибирати з грецької філософії усе, що може стати темою для вивчення чи розвитку християнства».

Такий вільний підхід до тлумачення Біблії розмив будь-які межі між християнською доктриною та грецькою філософією. Наприклад, у своїй книжці «Про засади» Оріген описує Ісуса як «єдинородного Сина, який був народжений, але не мав початку». Він додав: «Його походження вічне і незмінне. Він став Сином не завдяки тому, що отримав дихання життя, не завдяки якійсь зовнішній дії, а через Божу власну сутність».

Оріген не знайшов цієї ідеї в Біблії, оскільки Святе Письмо вчить, що єдинородний Син Єгови «роджений перш усякого творива» і є «початком Божого творива» (Колосян 1:15; Об’явлення 3:14). За словами історика-релігієзнавця Августа Неандера, саме «філософська освіта у школі Платона» підштовхнула Орігена до концепції про «вічне буття» Ісуса. Отже, Оріген зігнорував головний біблійний принцип: «Не йдіть далі того, що написано» (1 Коринтян 4:6, СМ).

Через суміш біблійних вчень і грецької філософії теологія Орігена переповнена помилками, і наслідки цього згубно позначились на загальновизнаному християнстві. Приміром, хоча більшість безпідставних теорій Орігена згодом відкинули, його погляди про «вічне буття» Ісуса стало підґрунтям небіблійного вчення про Трійцю. У книжці «Церква протягом перших трьох століть» (англ.) зазначається: «Уподобання філософії [започаткованої Орігеном] мало утримуватися протягом років». А яким був результат такого уподобання? «Простота християнської віри зазнала згубного впливу, і в Церкву влилося безліч відхилень».