Lakini wakati wa utawala wa ndugu yake Alexander Jannaeus, aliyetawala kuanzia 103-76 K.W.K., nasaba ya wafalme Wahasmonia ilifikia upeo wa utawala wake.

Alexander Jannaeus alikataa sera ya hapo awali na kujitangaza waziwazi kuwa mfalme na kuhani wa cheo cha juu. Mapambano kati ya Wahasmonia na Mafarisayo yakaongezeka, na hata kusababisha vita vya wenyewe kwa wenyewe ambapo Wayahudi 50,000 walikufa. Baada ya uasi huo kukomeshwa, Jannaeus alitenda kama wafalme wapagani kwa kuwatundika mtini waasi 800. Walipokuwa wanakaribia kufa, wake zao na watoto wao waliuawa mbele yao, huku Jannaeus akifurahia karamu hadharani pamoja na masuria wake.b

Licha ya kuwachukia Mafarisayo, Jannaeus alikuwa mwanasiasa mwenye busara. Aliona kwamba Mafarisayo walizidi kuungwa mkono na watu wengi. Alipokuwa anakaribia kufa alimwagiza mke wake, Salome Alexandra, awahusishe Mafarisayo katika utawala. Jannaeus alichagua mke wake badala ya wanaye kuwa mrithi wa ufalme wake.