Hata hivyo, mambo ya kidini yalikuwa tofauti kabisa. Wamaya waliabudu miungu mingi; waliabudu miungu ya jua, mwezi, mvua, na mahindi, kati ya vitu vingine vingi. Viongozi wao wa kidini walichunguza nyota kwa makini. Ibada yao ilitia ndani matumizi ya uvumba, mifano, kujikata-kata, na mazoea ya kutoa wanadamu dhabihu, hasa wafungwa, watumwa, na watoto.

Kitabu kimoja (The Mayas—3000 Years of Civilization) kinasema hivi kuhusu Wamaya wa siku hizi: “Wamaya wanaabudu miungu yao ya zamani ya nguvu za asili na mababu wa kale kwenye mashamba, mapango, na milimani . . . na wakati uleule wanaabudu watakatifu kanisani.” Hivyo, mungu Quetzalcoatl, au Kukulcán analinganishwa na Yesu, na mungu wa kike wa mwezi analinganishwa na Bikira Maria. Isitoshe, badala ya kuabudu mti mtakatifu wa sufi wanaabudu msalaba na bado watu wanaunyunyizia maji kana kwamba ni mti halisi. Badala ya kuwa na mfano wa Yesu, misalaba ina maua ya msufi.